Через год после указа Павла Первого обосновании Медико-хирургической академии было принято решение об организации "Конференции" (Ученого совета). Первое заседание конференции состоялось 20 октября 1800 года, и кстати, около 100 лет день рождения Академии отмечала именно в этот день. Позже именно "конференция" постановила, что день основания академии следует вести от даты Указа Павла Первого, а именно 18 декабря 1798 года.

   "Конференция должна собираться "всякую вторую субботу в 3 часа полудни, в особливом внутри академического строения назначенному к тому покое"-говорилось в инструкции Медицинской коллегии об образовании Конференции МХА. Стоит отметить, что "Конференция" занималась делами сразу двух академий-Московской и Петербургской, а первое заседание и все последующие, вплоть до сегодняшнего дня, проходила в помещении ,которое все знают, как первый зал Ученого совета.

   Ученый совет Академии уже 225 лет является главным коллективным органом управления, и без его решения не принимается ни один важный вопрос, касающейся жизни нашей Alma-mater.